Phaeton bol koncipovaný podľa Fredinanda Piëcha, vtedajšieho predsedu Volkswagen Group. Piëch chcel od inžinierov Volkswagenu, aby vytvorili automobil, ktorý by predstihol lídrov nemeckého automobilového trhu Mercedes-Benz a BMW.

 

Počiatočný vývoj Phaetonu so zreteľom na interný kód projektu VW611 začal s Piëchom dávať inžinierom zoznam desiatich parametrov vozidla, ktoré sa mali splniť. Väčšina týchto špecifikácii nebola oznámená verejnosti, ale mnoho z nich bolo povedané automobilovým novinárom. Jedným z nich bolo, že Phaeton by mal dokázať ísť celý deň rýchlosťou 300 km/h pri vonkajšej teplote 50 °C pri zachovaní vnútornej teploty 22 °C. Piëch ale žiadal aby maximálna rýchlosť bola obmedzená na 250 km/h. Ďalšou požiadavkou bolo, aby vozidlo malo torznú tuhosť 37000 Nm/°. Platforma Phaetonu a Volkswagen Group D1 platforma je zdieľaná s Bentley Continental GT a Bentley Continental Flying Spur. Niektoré systémy ako je napríklad prevodovka a niektoré motory sú spoločné s Audi A8. D1 je samostatná oceľová platforma, ktorá bola špeciálne vyvinutá pre Phaeton a Bentley Continental. D1 platforma je často zamieňaná za D3 platformu Audi, ktorá je celohliníková. V roku 2005 mal Phaeton najdlhší rázvor osí kolies zo všetkých osobných automobilov Volkswagen. Phaeton sa ručne montuje v ekologicky šetrnej továrni so skleneným exteriérom Transparent Factory v Drážďanoch v Nemecku. Táto továreň montovala do októbra roku 2006 aj vozidlá Bentley Continental Flying Spur, ale montáž bola premiestnená do anglického Crewe. Karoséria Phaetonu sa vyrába a farbí vo veľkej továrni Volkswagen v Zwickau v Nemecku. Kompletné karosérie sú prepravované asi 100 km špeciálnym cestným transportom do závodu Transparent Factory v Drážďanoch.